Una de las características más significativas de una reserva de biosfera es el sistema de ordenación de las funciones del territorio. En cada reserva de biosfera se establecen tres zonas básicas: Zona Núcleo, Zona Tampón y Zona de Transición.

La idea del Programa MaB al establecer las tres zonas es el de definir el peso que en cada área se asignan a las funciones encomendadas a las reservas de biosfera:

zonificacionFunción de Conservación: contribuir a la conservación de los paisajes, los ecosistemas, las especies y la variación genética.
Función de Desarrollo: fomentar un desarrollo económico y humano sostenible desde los puntos de vista sociocultural y ecológico.
Función Logística: apoyo a proyectos de demostración, educación ambiental y capacitación, investigación y observación permanente en relación con cuestiones locales, regionales, nacionales y mundiales de conservación y desarrollo sostenible.